Sleutel 6 is methode-overstijgend. De tool sluit met andere woorden bij geen enkele specifieke methode aan en kan door iedereen worden gebruikt. Zo kan het bijvoorbeeld interessant zijn om de resultaten van de methode-gebonden toetsen te vergelijken met de resultaten van de screening-tools (gestandaardiseerde toetsen) van Sleutel 6.
Methodegebonden toetsen brengen meestal in kaart wat je hebt onderwezen in de klas. Je hebt bijvoorbeeld aangeleerd om sleutelwoorden aan te duiden en geeft daarna een toets waarin leerlingen dit toepassen. De screening-tools van Sleutel 6 brengen de globale begrijpend-leesvaardigheid in kaart; dit betekent dus dat de leerlingen geïntegreerd toepassen wat ze in (en buiten) de klas leerden.
Als leraar beslis je zelf of en wanneer je de methode-gebonden toetsen van begrijpend lezen inzet. Je kan er bijvoorbeeld voor kiezen om tijdens de afnameperiode van de screening-tools
van Sleutel 6 de methode-gebonden toetsen niet af te nemen om de tijd voor evaluatie te beperken en voldoende tijd over te houden voor instructie.